提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
台媒揭示TikTok被查真相:民进党为巩固权力拿“麦卡锡主义”当“祭旗”******
【环球时报综合报道】民进党“九合一”大败后,“抖音洗脑年轻人不投票”被列为原因之一。抖音也因此成了民进党当局的眼中钉。
亲绿的《自由时报》18日称,台“经济部”的登记查询显示,2018年3月成立的升洋国际生技有限公司,今年11月核准变更登记为“字节跳动台湾股份有限公司”。其招聘广告的企业简介显示,公司通过直播平台开发网红的粉丝价值,并与字节跳动旗下抖音、TikTok(抖音国际版)等社交平台达成战略合作。18日晚,台湾陆委会发布新闻稿称,TikTok在台从事业务活动,涉嫌违反“两岸条例”,日前已对此事“积极主动查处”,涉嫌刑事犯罪部分,已移交司法机关侦办中。
台湾《旺报》19日发表社评称,把抖音所谓监控能力无限放大的说法,并无可信证据,但众口铄金。今年“九合一”选举民进党“抗中牌”失效,蔡英文当局没招之际,拿起“麦卡锡主义”当作“祭旗”,公务机关开始禁用抖音,与其说是为了维护台湾安全,不如说是为了巩固民进党的权力。相比之下,民进党更应该做的是禁止当局机关滥用预算豢养网军、侧翼,他们才是真正危害台湾的蛀虫。(于名)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |